SAS忘備録: CDISC

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2018年7月27日金曜日

Hashオブジェクトは、CDISCに係るSASプログラミングと相性バッチリ

今回は製薬業界でのお話になります。

CDISC関連のSASプログラミング（SDTMやADaMのデータセット作成）では、よく以下のような変数を導出します。

・他のデータセットから変数値を取得
・他のデータセットに条件に合うレコードが存在する場合「Y」、のようなフラグ変数の導出
・他のデータセットの特定レコードの最小値・最大値・合計・カウントなどの取得

これらは通常、SQL, MEANS, FREQ, TRANSPOSE, DATAステップ等を組み合わせて導出するんですが、Hashオブジェクトを使うと、すべてまとめて1回のDATAステップで導出する事も可能です。

(Hashオブジェクトがどんなものか知りたい方はデータステップ100万回のSASYAMAさんが詳しく解説をされてるので、そちらをご覧ください)

ハッシュオブジェクトの世界① (データステップ100万回)
http://sas-tumesas.blogspot.com/2014/07/blog-post_11.html

今回は、CDISC対応でのHashオブジェクトの利用例を紹介します。
以下は変数USUBJIDをキーに、他のデータセットから条件に合うレコードの変数を引っ張ってくるマクロです。

%macro m_find( DS= , WH=, VAR=, VARLEN= );
/*-----------------------------------------------------------------------
DS = 対象のデータセット ,
WH = WHERE条件 ,
VAR = 引っ張ってくる変数
VARLEN = 引っ張ってくる変数に設定するLENGTH
-----------------------------------------------------------------------*/

%local _index;
%let _index = &sysindex;

_runobs&_index + 1;
drop _runobs&_index;

if _runobs&_index = 1 then do;
length &VAR &VARLEN;
dcl hash _hash&_index( dataset:"&DS( where = (" || %sysfunc(quote(&WH)) || "))", duplicate:"e" );
_hash&_index..definekey( "USUBJID" );
_hash&_index..definedata( "&VAR" );
_hash&_index..definedone();
end;

if _hash&_index..find() ^= 0 then call missing( &VAR );
%mend;

ではマクロの使用例も見てみましょう。

* 適当なサンプルデータ ;
data DM;
USUBJID = "001";
run;

data SUPPDM;
USUBJID = "001"; QNAM = "SAFFL"; QVAL = "Y";
output;
USUBJID = "001"; QNAM = "FASFL"; QVAL = "Y";
output;
run;

* マクロ使用例 ;
data ADSL;
set DM;

*** SAFFL ******;
%m_find( ds=SUPPDM, wh=QNAM="SAFFL", var=QVAL, varlen=$200 )

length SAFFL $1.;
SAFFL = QVAL;
run;

データステップ中に、SUPPDM.QNAM="SAFFL"の時のQVALを取得しています。

このマクロはシンプルで十分使えますが、もっと作りこめば、最強マクロにもなり得ます。

2017年10月5日木曜日

【CDISC】変数 [--DTC] から、ADTM, ADT, ATM への変換

CDISC関連の話。

変数「--DTC」を、ADaM変数「ADTM」「ADT」「ATM」に変換するときの、ISO8601のフォーマットと書き方を載せときます。

[--DTC] が日付のみ (時刻を含まない) の場合

※以下の例は「2017」「2017-10」等の、日付が揃っていないデータは想定していません

data DT1;

LBDTC = "2017-10-03";

ADT = input( LBDTC, e8601da. );

run;

[--DTC] が日時の場合

※以下は想定していません。

・日時が揃っていないデータ（「2017-10-03」「2017-10-03T09」等）

・秒の小数部分が含まれているデータ（「2017-10-03T09:10:12.345」等）

※以下リンクの記事に紹介してるバグにも注意。

【SAS9.3以前のBug】E8601DTインフォーマットで正しく変換できないことがある。

data DT1;

LBDTC = "2017-10-03T09:10:00";

ADTM = input( LBDTC, e8601dt. );
ADT = input( LBDTC, e8601da. );
ATM = timepart( input( LBDTC, e8601dt. ) );

run;

・ATMだけいったん日時変換してから、TIMEPART関数で時刻部分をとりだしています。

以上、自分用のメモ記事でした。

2017年2月20日月曜日

SASデータセットをXPTファイルに変換する方法

SASデータセットをXPT（XPORT）という移送形式ファイルに変換する方法。

今回のサンプルデータ

MYSASというライブラリを作り、そこにデータセットADSLを格納しときます。

libname MYSAS "適当なパス";

data ADSL (label="SUBJECT LEVEL ANALYSIS DATASET");
USUBJID="aaa";
run;

proc sort data=ADSL out=MYSAS.ADSL;
by USUBJID;
run;

XPTファイルに変換するプログラム

以下プログラムを実行するとログにWARNINGが出るかもしれません。
「制限事項」のとこで補足説明してるので今は無視してください。

libname MYXPT xport "XPTファイルを格納するパス\adsl.xpt";

proc copy in=MYSAS out=MYXPT memtype=data;

select ADSL;

run;

libnameでXPTファイルを格納するライブラリ参照を定義。ここではXPTファイル名を含むフルパスを指定する。
proc copyでMYSAS.ADSLをライブラリMYXPTに格納。

制限事項

SASデータセットがSORTプロシジャでソートしてある場合、内部的にSORT情報が保持されており、この状態でXPT変換すると以下のようなWARNINGが表示されます。

proc sort data=MYSAS.ADSL;
by USUBJID;
run;

libname MYXPT xport "XPTファイルを格納するパス\adsl.xpt";
proc copy in=MYSAS out=MYXPT memtype=data;
select ADSL;
run;

ログ

WARNING: エンジンXPORTはSORTEDBY処理をサポートしていません。SORTEDBY情報はコピーできません。

ログに出てる通り、XPTではSORT情報が持たせられません。
WARNINGは出ているけどSORT情報がなくなっただけでXPTファイルはちゃんと出来ています。

このWARNINGが嫌であれば、この記事の最初のMYSAS.ADSLを作るプログラムのとこでSORTプロシジャにSORTEDBYオプションを追記すると、SORT情報を消すことができます。

proc sort data=ADSL out=MYSAS.ADSL (sortedby=_null_);
by USUBJID;
run;

out=にこのオプションを指定するのがポイントです。

その他の制限。

変数名は8文字以内
変数ラベルの長さは40まで
データセットラベルも長さ40まで・・・など

製薬業界でのCDISC絡みの話。（2017/02/17現在での話）

CPORTプロシジャでも移送ファイル（CPTファイル）に変換できますが、

PMDAからでてる「技術的ガイドについて」という通知には「CPORT Procedureは使用しないこと」という記述があるのでご注意ください。

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